Đây là bối cảnh khá phổ biến trong loạt truyện Boogiepop Phantom kể về sự biến mất đột ngột của 1 số nữ sinh tại học viện Shinyo. Họ đang chạy trốn, bị bắt cóc, hay đã bị giết hại? Cùng với bí ẩn này là sự xuất hiện bất ngờ của bóng ma được biết đến với cái tên Boogiepop, và những câu hỏi nảy sinh ngày 1 nhiều hơn trong tâm trí của Keiji, một học sinh có thể nhìn thấy và trò chuyện với những bóng ma kỳ lạ. Boogiepop là ai? Hay là cái gì? Hắn là kẻ gây ra những vụ bắt cóc, hay đang cố gắng để ngăn chặn chúng? Tại sao trông hắn lại giống hệt Touka, bạn gái của Keiji?