Naoe Riki là cậu bé mồ côi cha mẹ. Bốn thành viên của nhóm Little Busters là Natsume Kyousuke, Natsume Rin, Inohara Masato và Miyazawa Kengo đã xuất hiện như vị cứu tinh của cậu, họ cùng nhau chơi đùa và có một tình bạn vô cùng thăm thiết. Câu chuyện sau đó bắt đầu từ năm thứ hai cao trung của Riki, tình bạn của các cô cậu trong nhóm vẫn bền vững. Tuy nhiên không muốn để phí tuổi học trò tươi đẹp trước khi thi vào đại học, họ đã quyết định "sẽ làm một điều gì đó...."