Trước sự hy sinh của Kaname Madoka, xiềng xích vô tận đã trói buộc các cô gái ma thuật vào những số phận kinh khủng đã bị phá. Thế giới này có gì đó không ổn, Homura đang cố gắng tìm ra sự thật. Liệu số phận khủng khiếp phía trước vẫn đang chờ họ?